Il était généralement admis que le virus vaccinal disparaissait après quelques mois. Un article publié en 2000 dans un numéro spécial polio du Bulletin de l'OMS émettait trois opinions. D'abord, que le virus transmis par l'OPV ne circulait probablement dans la population que pendant une durée limitée, au maximum trois mois selon les données disponibles à l'époque. Ensuite, que « les foyers épidémiques sont toujours dus à des souches sauvages, et non à des souches dérivées des vaccins, ce qui suggère que le virus dérivé des vaccins se transmet sans doute moins facilement que les souches sauvages ». Et enfin que lorsqu'il y avait recombinaison avec d'autres entérovirus, c'est-à-dire un échange de matériel génétique avec des virus de la même famille que le virus de la polio, ces virus recombinants devaient être peu virulents et « ne pas représenter une menace pour le programme d'éradication ».

Des cas de polio déclarés en 2000 et en 2001 en république Dominicaine et à Haïti, qui forment ensemble l'île d'Hispaniola, ont dévoilé une réalité plus complexe. De juillet 2000 à juillet 2001, 21 cas de polio ont été confirmés dans les deux pays, dont deux mortels, alors que l'ensemble des Amériques est déclaré indemne de polio depuis 1994. L'analyse génétique des virus trouvés dans les selles des malades a prouvé qu'ils descendaient d'une seule dose d'OPV administrée fin 1998 ou début 1999. D'où la première conclusion que le virus issu du vaccin peut circuler au moins un an et demi dans la population avant de redevenir pathogène, beaucoup plus longtemps que ce qu'on croyait jusque là.

L'analyse génétique a renversé une autre certitude : tous les virus analysés provenaient d'une recombinaison entre la souche vaccinale et un entérovirus. Selon les auteurs d'un article paru en avril 2002 dans Science, le virus vaccinal s'est recombiné avec « au moins quatre différents entérovirus ». Contrairement aux attentes, cette recombinaison a produit des virus qui, d'une part, étaient redevenus pathogènes et, d'autre part, avaient retrouvé la capacité de se transmettre facilement d'une personne à l'autre.

Avec l'approche de l'éradication et le besoin impérieux de savoir combien de temps le virus issu de l'OPV pouvait circuler, des chercheurs étudient depuis quelques années de vieux prélèvements de selles de malades atteints de paralysie associée à la vaccination.

Des virus provenant de prélèvements effectués en Égypte chez 32 personnes victimes de poliomyélite associée à la vaccination de 1988 à 1993 ont été analysés génétiquement. Le virus dérivé de l'OPV avait commencé à circuler approximativement en 1982 et s'était donc propagé pendant cinq ans dans la population avant de retrouver son pouvoir pathogène. Ce virus a ensuite été transmis pendant cinq autres années avant que des campagnes de vaccination en viennent à bout. Les cas de paralysie correspondaient à dix chaînes de transmission.

Les cas égyptiens sont dus au type 2 du virus vaccinal, type dont la circulation sous forme sauvage a cessé dans le pays en 1979. Ils préfigurent le scénario auquel se prépare l'OMS pour les trois types de virus : quand les souches sauvages de type 1 et 3 auront été éliminées, comme le type 2 l'est peut-être déjà aujourd'hui à l'échelle planétaire, les cas de polio qui se produiront encore seront tous dus à des virus dérivés de l'OPV.

En Égypte comme en république Dominicaine et en Haïti, la transmission du virus pendant des années a été possible parce que la couverture vaccinale de la population est faible. Dans une communauté bien vaccinée, le virus issu de l'OPV est dans l'impossibilité de trouver une chaîne d'individus susceptibles de transmettre l'infection. Ces pays cumulaient deux handicaps : de mauvaises conditions d'hygiène et une couverture vaccinale insuffisante.

Pour les CDC (Centers for Disease Control), « la découverte que des virus de la polio dérivés des vaccins peuvent circuler dans des conditions habituelles est une nouvelle difficulté à vaincre pour éradiquer la polio dans le monde entier ».(1) « Cela ne nous empêchera pas d'éliminer les cas de polio dus au virus sauvage, mais cette découverte aura des conséquences sur les stratégies pour la fin de l'éradication, afin d'éviter que le virus vaccinal ne provoque des épidémies après l'éradication », a estimé Steve Cochi.(2) Comme l'a noté l'OMS, ces cas montrent à quel point il est difficile de maintenir la surveillance de la polio et la vaccination dans des pays en développement, une fois que la maladie est déclarée éradiquée dans une région.

Autre sujet de préoccupation pour l'après-éradication : des personnes immunodéprimées peuvent être incapables d'éliminer le virus reçu avec l'OPV et le disséminer des années après avoir été vaccinées.

Un article publié en 1997 rapporte qu'un patient immunodéficient américain a porté le virus pendant sept années, pendant lesquelles la souche vaccinale a muté et retrouvé sa virulence. Vacciné par l'OPV en 1974, il a été victime de la polio en juillet 1981. En Allemagne, un enfant immunodéprimé a été atteint de paralysie trois ans après la vaccination et a continué à excréter le virus pendant cinq ans et demi. Un autre malade a conservé le virus pendant près de dix ans. En Grande-Bretagne, une personne immunodéficiente mais non malade a excrété le virus de la polio pendant peut-être quinze ans.

Ces cas sont exceptionnels et extrêmes, mais le virus d'origine vaccinal a été trouvé chez d'autres patients pendant un, deux ou trois ans. Des personnes immunodéprimées à cause de maladies génétiques, du sida ou de traitements immunodépresseurs, peuvent ainsi disséminer le virus dans la population, des années après avoir été vaccinées ou infectées par un autre individu.

On sait donc aujourd'hui que le virus issu de l'OPV continuera de circuler pendant des mois ou des années après le dernier cas de polio. Le pire des scénarios serait qu'une personne immunodéprimée propage le virus des années après avoir été vaccinée, et que ce virus se transmette ensuite lui-même pendant des années avant de redevenir pathogène et d'être détecté. Ne fait-on pas courir un risque à la population en arrêtant la vaccination dès que l'éradication de la poliomyélite aura été prononcée par l'OMS, trois ans après le dernier cas dû au virus sauvage ?

Donald Henderson, qui a dirigé la campagne d'éradication de la variole et est en 2003 conseiller du président Bush pour les questions de bioterrorisme, jette depuis des années un regard critique sur la conduite de la campagne d'éradication par l'OMS. Il s'oppose à la perspective d'arrêter la vaccination. « Il ne faut pas oublier que l'engagement de l'Assemblée était sur l'éradication de la polio, pas l'éradication du vaccin contre la polio, a-t-il déclaré. Il ne faut pas confondre deux buts très différents. » (3)

Pour Bruce Aylward, coordinateur de l'Initiative d'éradication à l'OMS, le risque est minime et les épidémies éventuelles seraient parfaitement contrôlables : « Le risque de paralysies dues au vaccin est d'un sur 2,5 millions de doses d'OPV administrées, soit 250 à 500 cas par an. Celui d'épidémies dues au vaccin, comme à Haïti est plus faible, puisqu'il y a eu 29 cas en trois ans. Quant aux personnes immunodéprimées qui portent le virus, 19 cas ont été identifiés depuis 1963, dont 4 seulement continuent d'excréter le virus. Ce sont des cas extrêmement rares. Si on pose la question "Faut-il continuer à utiliser un vaccin qui provoque des paralysies, à cause des cas très rares de foyers épidémiques dus au vaccin quelques années plus tard, et de personnes immunodéprimées porteuses du virus ?" la réponse est en général négative. »